Dario Grattapaglia

Formação

• Pós-Doutorado - Periodo: 2007 a 2007 - University of Florida (sabbatical leave) - Forest Resources and Conserv.
• Doutorado - Periodo: 1990 a 1994 - Genética (co-major em Ciências Florestais)
  North Carolina State University
• Graduação - Periodo: 1981 a 1985 - Engenharia Florestal
  Universidade de Brasília

Atuação Profissional

• Bioplanta Tecnologia de Plantas Ltda- / Periodo: 1985 a 1990
• BMC Genetics (Online)- / Periodo: 2009 a atual
• BMC Genomics- / Periodo: 2010 a atual
• BMC GENOMICS- / Periodo: 2003 a atual
• BMC PLANT BIOLOGY- / Periodo: 2006 a atual
• Canadian journal of forest research (Print) (0045-5067)- / Periodo: 1996 a atual
• Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico- / Periodo: 2016 a atual
• Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico- / Periodo: 2016 a atual
• Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico- / Periodo: 1996 a atual
• Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico- / Periodo: 1998 a 2000
• Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico- / Periodo: 1998 a 2000
• Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior- / Periodo: 2013 a 2013
• Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária- / Periodo: 1994 a atual
• Genetics (0016-6731)- / Periodo: 1996 a atual
• Genetics and Molecular Biology (1415-4757)- / Periodo: 1998 a atual
• Genetics and Molecular Biology (Impresso)- / Periodo: 2010 a atual
• Genetics and molecular research- / Periodo: 2003 a atual
• Genetics and Molecular Research- / Periodo: 2004 a atual
• Heréditas Tecnologia Em Análise de Dna Ltda- / Periodo: 1996 a atual
• HEREDITY- / Periodo: 2018 a atual
• HEREDITY- / Periodo: 2004 a atual
• Journal of Heredity- / Periodo: 1997 a atual
• Molecular and General Genomics- / Periodo: 2010 a atual
• Molecular Breeding (1380-3743)- / Periodo: 1997 a atual
• Molecular Ecology- / Periodo: 1998 a atual
• New Phytologist- / Periodo: 2005 a atual
• NEW PHYTOLOGIST- / Periodo: 2008 a atual
• North Carolina State University- / Periodo: 2016 a atual
• North Carolina State University- / Periodo: 1992 a 1993
• Silvae Genetica (0037-5349)- / Periodo: 1999 a atual
• Theoretical and Applied Genetics- / Periodo: 1995 a atual
• Tree Genetics and Genomes- / Periodo: 2005 a atual
• Tree Genetics and Genomics- / Periodo: 2005 a atual
• Trees (Berlin. Internet)- / Periodo: 2012 a atual
• Universidade Católica de Brasília-UCB / Periodo: 2000 a atual
• Universidade de Brasília-UNB / Periodo: 1995 a atual
• Universidade de São Paulo-USP / Periodo: 1997 a 2005
• Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho- / Periodo: 1994 a 1999
• Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho- / Periodo: 1994 a 1994

Linha de Pesquisa

• Desenvolvimento e aplicações de sistemas automatizados de genotipagem
• Genética de populações de animais domésticos
• Genética de populações de espécies arbóreas nativas
• Genética de populações de espécies arbóreas tropicais
• Genética de populações humanas
• Genética genômica de Eucalyptus
• Genética genômica de Eucalyptus
• Genética genômica de Eucalyptus
• Genética genômica de Eucalyptus
• Genética, genômica e melhoramento de Eucalyptus
• Micropropagação de plantas lenhosas

Projetos de Pesquisa

• Diversidade genética da população brasileira para polimorfismos de DNA de relevância médica
  A análise da variação genômica existente em seres humanos vem revolucionando a medicina moderna. Este projeto visa expor os estudantes da UCB à área de medicina genômica desde a coleta de dados e amostras biológicas de pacientes com o devido consentimento informado, até a geração dos dados genéticos, as análises estatísticas e a comunicação final de resultados em publicações científicas em revistas indexadas.
  Período: 2020 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Internalização de novas tecnologias de genotipagem por sequenciamento (Genotyping-by-Sequencing) e aplicações no melhoramento e conservação genética de espécies florestais
  Este projeto - Pesquisador Visitante Especial Ciências sem Fronteiras - tem como objetivo expandir o intercâmbio e a cooperação científica e tecnológica em área de ponta da genômica aplicada ao melhoramento genético e conservação de recursos genéticos de plantas, com foco em espécies florestais exóticas plantadas e nativas do Brasil. O projeto pretende contribuir para a internacionalização e competitividade brasileira em pelo menos quatro áreas prioritárias do programa Ciência sem Fronteiras: biotecnologia, biodiversidade, produção agrícola sustentável e indústria criativa voltada para o desenvolvimento de novos processos tecnológicos na área agrícola-florestal. O projeto visa atrair o Prof. Matias Kirst, professor da University of Florida, pesquisador consolidado e de reconhecida liderança internacional na área de desenvolvimento e utilização de novas tecnologias genômicas na genética de plantas, com ênfase em espécies florestais.
  Período: 2012 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Genômica e a fenotipagem de alto desempenho na caracterização de germoplasma e dinamização do melhoramento do cajueiro via Seleção Genômica Ampla
  O cajueiro é uma cultura nativa do Brasil em um estágio do melhoramento genético que tem plena condição de ser fortemente potencializado pela aplicação direcionada das novas ferramentas genômicas integradas à fenotipagem de alto desempenho. Este projeto, construído sobre uma sólida base de recursos genéticos e melhoramento avançado, tem dois eixos principais: (1) ampliação do conhecimento a respeito da base genética e variabilidade fenotípica de extensos bancos de germoplasma de cajueiro em duas regiões brasileiras e (2) implementação operacional da Seleção Genômica Ampla (SGA) para a aceleração do programa de melhoramento visando o lançamento de novos clones. Centrado nos componentes de genômica aplicada e metodologias de fenotipagem avançada de compostos bioativos, este projeto busca contribuir para a melhoria da qualidade de produto in natura e desenvolvimento de produtos para novos mercados, agregando valor à diversidade inexplorada da cultura do cajueiro. O projeto, organizado em ações fortemente integradas, propõe inicialmente gerar a sequência completa do genoma do cajueiro (490 Mpb; 2n=42) e, a partir dele, desenvolver e aplicar uma plataforma de genotipagem de alto desempenho de SNPs (1 SNP/50kpb) para múltiplas aplicações na caracterização, conservação e melhoramento acelerado da cultura via SGA. O genoma do cajueiro poderá ser o primeiro genoma de um membro das Anacardiaceas, potencializando projetos futuros de genética, bioquímica e biologia molecular da cultura. Os experimentos de genômica serão desenvolvidos de forma integrada a um esforço intensivo de fenotipagem com modernos métodos de cromatografia de alta performance, espectrometria de massa e infravermelho próximo, no sentido de capturar a variabilidade existente de compostos bioativos do caju
  Período: 2014 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• NExTFRUT Núcleo de Excelência em genômica aplicada a FRUTeiras Tropicais
  O Brasil é detentor de uma das maiores diversidades de espécies nativas de fruteiras tropicais do mundo, em sua grande maioria ainda pouco exploradas ou totalmente inexploradas, apesar do reconhecido potencial econômico. Existem centenas de frutas tropicais nativas que aguardam um esforço concentrado de pesquisa e desenvolvimento. A grande maioria delas ainda se encontra em estágios iniciais de domesticação ou ainda em estado selvagem com produção essencialmente extrativista. Dentre as várias espécies de fruteiras nativas do Brasil o maracujazeiro (Passiflora edulis Sims), a mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) e a goiabeira (Psidium guajava L.) se destacam por serem espécies que apresentam um conjunto de características atraentes para o mercado nacional e internacional de frutas, possuem um amplo espectro de compostos bioativos, contam com bancos de germoplasma organizados e são alvo de programas de melhoramento genético que podem ser fortemente potencializados pela aplicação direcionada das novas ferramentas genômicas integradas a metodologias de fenotipagem de alto desempenho. É este o foco deste projeto que visa dinamizar a conservação, caracterização e o melhoramento destas espécies por meio do desenvolvimento de recursos genômicos avançados. O projeto NExTFRUT (Núcleo de Excelência em genômica aplicada a FRUTeiras Tropicais), organizado em ações sequenciais e integradas, propõe inicialmente gerar uma montagem avançada da sequência completa do genoma das três espécies juntamente com a anotação do espaço gênico. Estas sequências vão constituir um recurso fundamental e definitivo para a pesquisa genética, genômica e melhoramento genético moderno destas espécies por muitos anos à frente. A partir dos genomas de referência, o projeto pretende desenvolver e aplicar plataformas de genotipagem de alto desempenho de marcadores SNPs (polimorfismos de base individual) adotando estratégias de otimização via algoritmos de imputação de genótipos para alta densidade, visando múltiplas aplicações na caracterização genética, estudos de associação e melhoramento acelerado via Seleção Genômica. Os experimentos de genômica serão desenvolvidos paralelamente a um esforço intensivo de fenotipagem com modernos métodos de análise rápida com espectroscopia do infravermelho próximo, no sentido de capturar a variabilidade existente da composição nutricional e de bioativos das frutas e, no caso da mangabeira, do seu látex, que possui excelente potencial de biocompatibilidade em uso médico.
  Período: 2017 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Padrões diferenciais de adaptação epigenética dentro e entre clones elite de Eucalyptus ao longo de gradientes ambientais e regimes de estresse hídrico
  O projeto visa avançar no entendimento da base epigenética da interação genótipo x ambiente de clones de Eucalyptus de forma integrada aos avanços na seleção genômica e estudos eco-fisiológicos do eucalipto. A estratégia experimental envolve a análise ?genome-wide? de marcas de metilação via sequenciamento (next generation) de representações de complexidade reduzida derivadas de corte com enzimas de restrição sensíveis à metilação (?MSCC Methylation Sensitive Cut Count?). O estudo vai se basear na análise comparativa da proporção e endereço genômico de locos metilados dentro e entre clones elite de eucalipto submetidos a diferentes regimes hídricos em diferentes ambientes do país, com controles experimentais de réplicas biológicas que permitem avaliar a consistência das marcas epigenéticas encontradas. Espera-se levantar evidências genômicas de que o metiloma do eucalipto é responsivo à variação hídrica e térmica, além de identificar padrões conservados de metilação entre clones que possuem comportamento análogo de plasticidade ou interatividade, padrões esses que, sobrepostos com os dados de marcadores moleculares da SGA possam levar a estabelecer regiões genômicas alvo de seleção direcional para adaptabilidade. Este projeto capitaliza sobre recursos experimentais desenvolvidos ao longo dos últimos anos para o eucalipto que permitem a realização de experimentos de epigenética aplicada possivelmente únicos no mundo em espécies florestais: a ampla rede experimental TECHS de ecofisiologia de clones de eucalipto envolvendo dezenas de empresas florestais, o sequenciamento do genoma completo do eucalipto e amplas populações de melhoramento, genotipadas para dezenas de milhares de SNPs no âmbito de projetos de SGA das mesmas empresas.
  Período: 2013 - 2017 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• NEXTREE - PRONEX - Núcleo de Excelência em Genômica Florestal Aplicada
  O Brasil é um dos países com a maior vocação florestal do planeta. Possui alguns dos mais extensos e diversos ecossistemas florestais naturais no mundo e é líder em produtividade de florestas plantadas que suprem biomassa florestal de forma sustentável para as mais variadas aplicações industriais. A proporção de floresta plantada no Brasil, entretanto, ainda é modesta e as previsões da FAO são de um crescimento massivo e acelerado para os próximos 20 anos em vista da demanda crescente em bioenergia, seqüestro de carbono e crescimento da população humana. Este crescimento vai requerer o desenvolvimento crescente de materiais genéticos com amplo espectro de adaptação e qualidade da madeira. O NEXTREE - acrônimo que ao mesmo tempo contém a idéia do Núcleo de Excelência e alude ã ?Árvore do Futuro? - tem como tema unificador a genômica aplicada a problemas práticos do setor florestal. O Núcleo aqui proposto visa integrar grupos de pesquisa existentes para atuar em problemas específicos nas duas grandes áreas da genética florestal: Florestas plantadas e Florestas nativas. O NEXTREE terá dois grandes eixos simultâneos e complementares de atuação: (1) Genomica aplicada ao incremento de produtividade e qualidade de Eucalyptus. Neste componente, em estreita colaboração com grandes empresas do setor, serão desenvolvidas novas tecnologias de analise genômica de alto desempenho visando a operacionalização da abordagem revolucionária de Seleção Genômica (Genomic Selection) para a aceleração do melhoramento de árvores elite e populações geneticamente superiores; e (2) Genômica de espécies florestais nativas, centrada em espécies dos gêneros Tabebuia (Ipê) e Manilkara (Maçaranduba) as quais tem papel ecológico central nos seus respectivos ecossistemas, são intensamente exploradas pelo seu alto valor comercial e apresentam desafios significativos no processo de identificação da madeira.
  Período: 2010 - 2015 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Inovando o melhoramento genético de espécies perenes: Seleção Genômica Ampla em Pinus via genotipagem-por-sequenciamento
  Este projeto se fundamenta em dois eixos componentes com forte conteúdo de inovação: (A) um componente metodológico, focado na internalização de tecnologias avançadas de genotipagem em larga escala via sequenciamento de alto desempenho (Genotyping-by-Sequencing) e análise computacional dos dados gerados, tendo Pinus taeda como alvo, uma espécie florestal de alta diversidade genética, genoma complexo e importância econômica mundial; e (B) um componente científico-tecnológico, envolvendo o entendimento da arquitetura genética de características quantitativas e aceleração do melhoramento genético desta espécie por meio da predição de fenótipos complexos via Seleção Genômica Ampla (SGA). Com base nos avanços publicados pelo nosso grupo de forma pioneira em nível internacional da implementação da SGA em Eucalyptus, este projeto visa agora inovar o melhoramento genético visando a seleção ultra-precoce de árvores elite de Pinus. Será utilizada uma tecnologia de genotipagem-por-sequenciamento para estudar uma população de melhoramento de Pinus que apresenta características ideais para a aplicação da SGA e potencial claro de derivar material elite para alavancar a produtividade de pequenos e médios produtores de madeira de Pinus no país. As atividades previstas no projeto se baseiam na interação entre equipes de reconhecida competência na área de genômica, genética quantitativa e melhoramento florestal no Brasil, envolvem o treinamento de talentos na pós-graduação e a cooperação com pesquisadores no exterior.
  Período: 2013 - 2015 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Seleção Genômica Ampla (SGA) em Eucalyptus: desenvolvimento de modelos de SGA ultra-precoce de E. benthamii tolerante a geada
  Avanços pioneiros na área florestal foram feitos pelo nosso grupo nos últimos anos na prova de conceito e validação da SGA para Eucalyptus. Propomos agora o desenvolvimento de modelos preditivos de SGA para E. benthamii adaptado a regiões sujeitas a geada. A EMBRAPA dispõe de testes de progênies instalados em regiões sujeitas a geada anual, fornecendo assim populações com os fenótipos relevantes para o desenvolvimento de modelos preditivos. Plataformas de genotipagem de Eucalyptus foram desenvolvidas pelo nosso grupo e estão prontas para a aplicação. Neste projeto serão levantados dados fenotípicos de crescimento, propriedades químicas e físicas da madeira utilizando espectrometria de infravermelho próximo e genotipadas, para milhares de marcadores, cerca de 1200 árvores em dois testes de progênie de E. benthamii em duas localidades distintas. Estes dados serão utilizados para a estimação de modelos preditivos com base nos VGG (valores genéticos genômicos) para as várias características. A acurácia de seleção dos modelos de predição construídos em cada teste será avaliada via validação cruzada dentro de cada teste e entre os testes. A previsão é que os modelos preditivos desenvolvidos neste projeto sejam utilizados para a seleção ultra-precoce de descendentes na próxima geração. Esta abordagem vai: (1) acelerar significativamente o programa de seleção recorrente de E. benthamii dispensando o tempo necessário de testes de progenie e (2) permitir a clonagem imediata de indivíduos elite selecionados ainda no estágio de mudas viabilizando a produção de clones elite de E. benthamii em larga escala. O tema proposto é inovador e busca o desenvolvimento de uma tecnologia de ponta em ambiente operacional passível de utilização imediata pela EMBRAPA e pelo setor florestal como um todo.
  Período: 2012 - 2014 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Eucalyptus: sequencing a global tree genome for energy, fiber and wood - International Eucalyptus Genome Network - EUCAGEN
  Este projeto constitui um marco histórico no avanço da genética e genômica de Eucalyptus. Trata-se da formação e implementação de uma rede internacional de pesquisadores com o objetivo de sequenciar e caracterizar o genoma completo de Eucalyptus grandis. O Joint Genome Institute (JGI), do Departamento de Energia dos Estados Unidos (DOE) aprovou a proposta da rede internacional Eucagen (Eucalyptus Genome Network) em uma competição da qual participaram 120 projetos. Esta rede internacional é liderada por pesquisadoires de três países, Alexandre Myburg (África do Sul), Dario Grattapaglia (Brasil) e Jerry Tuskan (EUA) e visa o seqüenciamento completo do genoma do eucalipto. Este projeto foi aprovado de forma competitiva em 8 de junho de 2007 http://www.jgi.doe.gov/News/news_6_8_07.html. Trata-se do primeiro projeto mundial de sequenciamento de um eucarioto do qual o Brasil partucipa na liderança. O objetivo central do projeto é a produção e anotação de um rascunho (draft) de 8x (8 coberturas) do genoma de Eucalyptus grandis, clone BRASUZ1, uma árvore brasileira derivada de uma geração de autofecundação produzida na Suzano em SP. Em paralelo com o sequenciamento shotgun, o grupo brasileiro de pesquisadores do Genolyptus vai produzir um mapa físico em colaboração com o Arizona Genomics Institute bem com ancorar o mapa genético existente de microssatélites na sequência. Diversas colaborações internacionais também foram criadas na área de bioinformática e mapeamento de marcadores DArT. Participam da rede EUCAGEN mais de 140 pesquisadores de 82 organizações públicas e privadas de pesquisa em 18 países. A execução do sequenciamento tem custo estimado em cerca de 10 milhões de dólares. Os dados serão totalmente públicos e o prazo estimado é de 2,5 anos para a finalização.
  Período: 2008 - 2014 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Construção de mapa genético de alta densidade, ancoragem com a seqüência do genoma de Eucalyptus e posicionamento de QTLs em alta resolução com base em DArT (Diversity Array Technology)
  Este projeto tem por objetivo o desenvolvimento e aplicações da tecnologia Diversity Arrays Technology (DArT) (http://www.diversityarrays.com/) para análise genética, auxílio da montagem do genoma de Eucalyptus e descobrimento de genes de relevância industrial. O projeto envolve o treinamento de dois pós-doutores em tecnologias avançadas na interface entre genômica e melhoramento molecular. O projeto proposto e o treinamento dos profissionais inclui duas etapas sendo a primeira de desenvolvimento da plataforma e a segunda de aplicação da tecnologia DArT. O desenvolvimento da plataforma de marcadores DarT será realizado em estreita colaboração com a empresa Diversity Array Technology na Austrália envolvendo a produção de diferentes representações genômicas derivadas da digestão com diferentes enzimas de restrição, teste de detecção de polimorfismo e segregação em um painel de parentais e descendentes e sequenciamento dos clones de DNA reveladores de polimorfismo. A segunda etapa do projeto envolve em um primeiro experimento a construção de um mapa genético de alta densidade com marcadores DArT e mapeamento de QTLs em alta resolução (< 1 cM) com base em uma família com ampla segregação fenotípica para propriedades da madeira. Este mapa de alta resolução baseado na análise de recombinação de pelo menos 2.000 meioses e ~4.000 marcadores DArT será utilizado: (a) como peça chave no ordenamento dos supercontigs da seqüência completa do genoma de Eucalyptus grandis em produção no JGI (Joint Genome Institute) projeto internacional co-coordenado pelo proponente (http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/CSP2008/eucalyptus.html) e (b) para a localização de QTLs com resolução <1 cM visando a investigação de genes candidatos posicionais. O segundo experimento envolverá a predição de desempenho de descendências com base na diversidade genômica entre parentais avaliada com ampla cobertura genômica com ~4.000 a 10.000 marcadores DArT mapeados e identificados. O projeto envolve uma i
  Período: 2008 - 2012 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Desarrollo de una plataforma integrada de genotipificación para la bioprospección de genes candidatos de interés en germoplasma de Eucalyptus del MERCOSUR
  El proyecto apunta a expandir y fortalecer las bases científicas y promover la innovación tecnológica para el uso sustentable de la biomasa, específicamente en cuanto a la caracterización y a la prospección de usos innovadores, sustentables y competitivos de materiales genéticos vegetales. Asimismo, explora la diversidad genética natural existente en colecciones de germoplasma de tres especies de Eucalyptus y herramientas genómicas de punta para el descubrimiento direccionado de genes claves en el proceso de formación de la madera. Las tecnologías genómicas de alto desempeño permiten el análisis de miles de genes, que integradas en paralelo a los programas de mejoramiento forestal, abren nuevas perspectivas para la comprensión de las relaciones complejas entre variabilidad genética y diversidad fenotípica, con un impacto potencial enfatizado en dichos programas, apuntando a la selección de árboles elite para la producción industrial, como también para caracterización de germoplasma a través de la genotipificación de genes que se expresan. El desafío actual, reside en la exploración sistemática e inteligente de la información genómica, desarrollada a partir de los proyectos de secuenciación de ESTs, como por ej. Genolyptus. Los avances en los cuatro países son notablemente diferentes en cuanto al desarrollo y aplicación biotecnológico en este género. Por lo tanto el beneficiario directo de este proyecto es la agrupación de los 4 países del MERCOSUR, y los organismos de investigación y desarrollo (INTA-EMBRPA-Universidad Nacional de Asunción de Argentina, Brasil, Paraguay respectivamente) y el sector industrial regional. En este proyecto participan dos empresas como socias, Mundial forestación SA y Desarrollos Madereros de Paraguay y como colaboradora, Garruchos SA. Principales innovaciones a los que contribuirá el proyecto: -Enriquecimiento de los mapas genéticos existentes con información funcional. -Construcción de una base de datos específica de genes cand
  Período: 2009 - 2011 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Centro de Genômica de Alto Desempenho do Distrito Federal - GENÔMICA-DF
  O Centro de Genômica de Alto Desempenho do Distrito Federal, GENÔMICA-DF, é um projeto de pesquisa e desenvolvimento cujo objetivo é a implantação e operacionalização de um centro de prestação de serviços (Facility) de sequenciamento, sem fins lucrativos, baseado em tecnologias de última geração (Illumina e 454) visando apoiar projetos de pesquisa na área genômica no Distrito Federal e Brasil. A implantação do projeto do GENÔMICA-DF foi financiado em sua quase totalidade com recursos públicos provenientes da Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF) e uma contrapartida de infra-estrutura e pessoal da Universidade Católica de Brasília que o hospeda em seus laboratórios. O projeto foi formatado e submetido em regime multi-institucional pela Universidade Católica de Brasília (UCB), Embrapa-Cenargen, Universidade de Brasília (UnB), Embrapa-Agroenergia, Laboratório Central do Distrito Federal (LACEN) e Polícia Civil do Distrito Federal (PCDF) em Dezembro de 2007, efetivamente contratado pela FAP-DF em Dezembro de 2008 (projeto 157/2008; processo 193.000259/2008) e iniciado com desembolsos em Janeiro de 2009. O GENÔMICA?DF é um projeto de pesquisa concebido pela livre iniciativa de pesquisadores de diferentes instituições no DF incentivados pelo interesse da FAP-DF em apoiar a implantação de um centro multi-usuário para permitir o acesso a novas tecnologias de sequenciamento genômico e fomentar o aprendizado e troca de experiências de como melhor utilizá-las no avanço da ciência no DF e Brasil. O GENÔMICA-DF portanto não é uma empresa constituída e por isso não possui razão social. Não visa lucro mas sim apenas recuperação de custos operacionais e sustentabilidade do ponto e vista de manutenção e atualização de equipamentos, treinamento de sua equipe e incremento contínuo do leque de serviços oferecidos baseados em tecnologias de sequenciamento de última geração;
  Período: 2009 - 2011 / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: DESENVOLVIMENTO
• Desenvolvimento de uma plataforma de genotipagem de alto desempenho baseada em SNPs e DArT e aplicação na prova de conceito da Seleção Genômica Ampla (?Genomic selection?) em Eucalyptus
  Muito tem sido falado e escrito sobre as vantagens potenciais da seleção assistida por marcadores (SAM) em espécies de Eucalyptus. Entretanto, a complexidade das características quantitativas de relevância silvicultural e industrial, associada às limitações e custo da análise de DNA até hoje, tem dificultado a operacionalização da SAM nos programas de melhoramento. Com base nos recentes avanços das tecnologias de genotipagem de DNA em larga escala, acompanhadas por reduções dramáticas de custos, aliados a novos conceitos em SAM no melhoramento de plantas e animais, este projeto de pesquisa visa atacar esta questão com uma abordagem inovadora na área florestal. Esta abordagem se baseia em dois componentes: (1) o desenvolvimento conjunto Brasil-Argentina de uma plataforma de genotipagem de polimorfismos de DNA baseada em duas tecnologias complementares de alto desempenho, SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) e DArT (Diversity Arrays Technology); (2) a utilização destas tecnologias para a execução de uma prova de conceito e validação da estratégia de seleção genômica ampla (SGA) (Genomic selection ou Genome-wide selection) visando a seleção ultra-precoce de árvores elite para características de expressão tardia em testes de progênie de Eucalyptus. O desenvolvimento da plataforma de genotipagem se fundamenta nos recursos genômicos desenvolvidos no Brasil âmbito do projeto Genolyptus, bem como na disponibilização iminente da seqüência completa do genoma de Eucalyptus via um projeto internacional do qual o Brasil é um dos países líderes e a Argentina participa. Será desenvolvida uma bateria de aproximadamente 1.536 SNPs selecionados e um microarranjo de DArT com ~7.000 marcadores selecionados para elevado polimorfismo e com identidade de seqüência.
  Período: 2009 - 2011 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Prova de conceito de um método de seleção precoce de clones de Eucalyptus assistida por marcadores moleculares
  Muito tem sido falado e escrito sobre as vantagens potenciais da seleção assistida por marcadores em plantas em geral e especificamente em espécies perenes. Entretanto poucos trabalhos foram realizados e publicados em plantas e quase nenhum em espécies perenes para efetivamente validar esta proposta experimentalmente. Este projeto de pesquisa visa, portanto, realizar uma prova de conceito da viabilidade técnica de um método de seleção assistida por marcadores denominado Seleção Genômica Ampla (Genomic Selection) para a identificação precoce de clones elite de Eucalyptus com características superiores para qualidade da madeira para a industria. Esta prova de conceito será utilizada para estabelecer a viabilidade operacional, avaliar aspectos técnicos e propor uma direção a seguir na área de genômica aplicada ao melhoramento, além de fornecer um ?feedback? para uma avaliação econômica da tecnologia a ser realizada pela empresa parceira fora do âmbito deste proposta. O projeto se fundamenta na plataforma existente de recursos genômicos desenvolvidos no âmbito do projeto Genolyptus entre 2002 e 2007 e pretende testar a seleção assistida visando selecionar em idade precoce árvores individuais superiores para características complexas de herança quantitativa de qualidade da madeira que somente se expressam em idade mais avançada.
  Período: 2008 - 2010 / Situação: DESATIVADO / Natureza: DESENVOLVIMENTO
• Genômica quantitativa da formação da madeira em Eucalyptus
  Este projeto tem por objetivo a realização de experimentos que integram diferentes estratégias genômicas para a investigação da base genética da formação da madeira. O projeto se fundamenta na plataforma existente de recursos e ferramentas genômicas (bancos de sequências, mapas genéticos, QTLs mapeados, o "Genolyptus oligoarray" do transcriptoma de Eucalyptus, experimentos de campo, etc.) desenvolvidas de forma pré-competitiva no âmbito do projeto Genolyptus. O projeto busca avançar na identificação de genes e no entendimento das redes e rotas regulatórias que definem a variabilidade fenotípica nas propriedades físicas e químicas da madeira relevantes à utilização industrial e produção de energia renovável. O projeto é composto por três grandes planos de ação com forte conexão e alinhamento, sendo os dois primeiros voltados para o descobrimento de genes e redes co-reguladas de interação gênica diretamente envolvidas no controle de fenótipos quantitativos e o terceiro voltado para o teste de associação direta de polimorfismos em genes candidatos descobertos nas duas etapas anteriores. O projeto envolve pesquisadores da Embrapa parceria com uma ou mais empresas privadas e colaborações pontuais com pesquisadores de duas universidades.
  Período: 2007 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Desenvolvimento e mapeamento de microssatélites tetranucleotídeos para caracterização de recursos genéticos e proteção varietal de Eucalyptus
  A identificação correta de germoplasma de eucalipto tem implicações importantes em diversos procedimentos de conservação de recursos genéticos, melhoramento, gerenciamento e controle de qualidade de pomares de sementes e plantios operacionais, intercâmbio de germoplasma e licenciamento nacional e internacional de clones. A caracterização de germoplasma e proteção de clones superiores de eucalipto envolve hoje a utilização de um conjunto selecionado e validado de marcadores morfológicos principalmente em folhas, flores e casca. Entretanto, além das dificuldades de caracterização morfológica às vezes encontradas em função da mudança de fase fisiológica entre o estado juvenil e adulto, clones elite de eucalipto muitas vezes apresentam co-ancestralidade. Com isso, perfis genéticos de microssatélites vem sendo incluídos nos trabalhos de caracterização de germoplasma e nos pedidos de proteção de cultivares de eucalipto. Este projeto visa, portanto, o desenvolvimento de sistemas multiplex de microssatélites de tri, tetra e pentanucleotídeos de alta eficiência para as principais espécies plantadas do gênero. Será realizada uma mineração de cerca de 35.000 seqüências genômicas derivadas de pontas de clones BAC de E. grandis seqüenciadas no âmbito do projeto Genolyptus, buscando microssatélites de tetra e pentanucleotídeos. Experimentos de amplificação e otimização, transferibilidade interespecífica e avaliação do nível de polimorfismo serão realizados. Os novos microssatélites desenvolvidos serão posicionados geneticamente em mapas genéticos referência de E. grandis e E. globulus. Estes marcadores serão combinados em sistemas multiplex de co-amplificação via PCR e aplicados na análise de variabilidade de coleções de germoplasma de árvores geneticamente não relacionadas das duas espécies mais plantadas no mundo e em uma coleção de clones elite plantados no Brasil.
  Período: 2008 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: DESENVOLVIMENTO
• Mapeamento em larga escala de genes expressos em Eucalyptus via Single Feature Polymorphisms (SFP)
  Este projeto tem um forte caráter de inovação científica e visa o desenvolvimento e aplicação de uma nova tecnologia de análise genômica baseada na detecção de marcadores denominados SFP (Single Feature Polymorphisms) visando o mapeamento genético em larga escala de milhares de genes expressos em espécies de Eucalyptus. O projeto se fundamenta na plataforma existente de recursos genômicos (bancos de sequências, populaçõe segregantes, mapas genéticos, QTLs, e um 400k oligoarray do transcriptoma de Eucalyptus, etc.) desenvolvidos no âmbito do projeto Genolyptus entre 2002 e 2007. O projeto visa enriquecer com informação transcricional os mapas genéticos e de QTLs existentes para Eucalyptus. Este enriquecimento dos mapas genéticos será realizado pelo desenvolvimento de plataforma de genotipagem de SFPs em microarranjos de oligonucleotídeos curtos (25 bases). Pretende-se mapear alguns milhares de genes pela análise de co-segregação de SFPs detectados nestes genes com ~400 marcadores microssatélites hoje posicionados no mapa genético de referência. Em seguida será conduzida uma análise de co-localização destes genes com os vários QTL (Locos de características quantitativas) mapeados em Eucalyptus, permitindo assim a descoberta de potenciais genes candidatos responsáveis por estes QTLs a serem posteriormente testados em experimentos de genética de associação. O projeto envolve pesquisadores de duas instituições de ensino e pesquisa e a colaboração com uma empresa privada brasileira. A equipe é formada por pesquisadores com reconhecida competência nas diferentes áreas técnico-científicas sobre as quais o projeto se fundamenta: genômica, bioinformática e genética estatística.
  Período: 2007 - 2009 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Projeto GENOLYPTUS - Rede Brasileira de Pesquisa do Genoma de Eucalyptus
  O projeto Genolyptus foi concebido visando estabelecer um entendimento genômico das bases moleculares da formação da madeira em Eucalyptus, juntamente com a tradução deste conhecimento em tecnologias mais eficientes de melhoramento florestal. Esta iniciativa pré-competitiva se baseia na geração de uma plataforma de recursos experimentais e de informações para descobrir, mapear, validar e entender a variação subjacente nos genes e regiões genômicas de importância econômica em Eucalyptus com ênfase em madeira e resistência a doenças. O projeto se baseia em uma parceria forte entre o governo federal através do MCT- Fundo Verde Amarelo, o setor acadêmico/pesquisa representado por sete Universidades e a Embrapa e o setor privado com 12 empresas florestais. É nosso entendimento que mesmo com tecnologias mais potentes que permitem uma visão mais integrada e global de processos genéticos, a genômica somente vai ter sucesso em contribuir para o desenvolvimento de eucaliptos geneticamente melhorados se profundamente interconectada com trabalho intensivo de campo e melhoramento inovador. O projeto Genolyptus difere de outras iniciativas de genoma de plantas na intensidade, refinamento e abrangência do esforço devotado a experimentos de campo para gerar a diversidade e estrutura planejada de fenótipos necessária para estudar função de genes. Detecção de QTL, descobrimento de haplótipos de SNP em genes candidatos para mapeamento de associação e o desenvolvimento de um mapa físico vão buscar a ligação dos fenótipos a genes que controlam os processos de formação da madeira que por sua vez definem as características de relevância industrial. O esforço de descobrimento de genes baseado em sequenciamento de EST e diversas tecnologias de estudos de expressão, se concentra muito mais em estudar transversalmente a variabilidade alélica existente em genes envolvidos na xilogênese do que longitudinalmente ao número total de genes.
  Período: 2002 - 2009 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Metagenoma do cerrado
  O projeto envolve a purificação de DNA genômico de uma amostra de solo do Cerrado por metodologia descrita na literatura. 2) Criação do Metagenoma do Cerrado: Clonagem de fragmentos de DNA genômico em vetores BAC por estratégia já estabelecida. 3) Análise filogenética da amostra do solo. Amplificação por PCR, clonagem e seqüenciamento de genes 16S de RNA ribossomal (16S rRNA) para se monitorar a diversidade da flora microbiana e o sucesso no isolamento de DNA procariótico de diferentes grupos (representatividade). 4) Análise da atividade biológica do Metagenoma. Testar a capacidade dos clones gerados na etapa 2 de produzir atividades enzimáticas. O número de atividades biológicas `a serem testadas dependerá do número total de clones, do tempo necessário e da disponibilidade de insumos para cada teste específico. 5) Os clones que apresentarem atividades enzimáticas de valor biotecnológico e médico, por exemplo, atividade antimicrobiana (produção de antibióticos) terão o(s) gene(s) identificado(s) por mutagênese de transposição, será sequenciado(s) e subclonado(s) em vetor de expressão heteróloga.
  Período: 2004 - 2008 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Variabilidade do mtDNA em populações urbanas brasileiras
  " Implantar rotina de haplotipagem das regiões HVI e HVII por seqüenciamento da região controle do mtDNA " Identificar haplótipos presentes na população brasileira e suas freqüências " Classificá-los e compará-los com haplótipos descritos em estudos populacionais nacionais e internacionais " Desenvolver rotina de identificação humana forense para ser utilizada na identificação de ossadas, cabelos sem bulbo, dentes e outros vestígios biológicos de origem humana. " Sugerir composição genética da população brasileira a partir dos haplotipos identificados
  Período: 2002 - 2004 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Diversidade haplotípica e desempenho forense de STR do cromossomo Y em humanos
  Objetivos de desenvolvimento tecnológico " Desenvolver sistemas multiplex com detecção fluorescente para a análise de polimorfismos de um total de 7 a 9 locos locos microsatélites no cromossomo Y em seres humanos " Construir escadas alélicas seqüenciadas para os diferentes locos com base em amostragens de alelos na população brasileira visando otimizar métodos de genotipagem automatizada Objetivos científicos " Construir e caracterizar um banco de dados de freqüências alélicas e haplotípicas para identificação individual para os locos STR estudados na população de Brasília " Estudar a variabilidade haplotípica para o cromossomo Y na população brasileira amostrando populações de diferentes regiões do Brasil " Avaliar o desempenho (poder de exclusão, poder de discriminação) dos sistemas desenvolvidos na identificação diferencial de indivíduos em amostras forenses mistas de sêmen e epitélio vaginal em casos de estupro e em casos de investigação de paternidade post mortem via reconstituição genética em situações onde a criança testada é do sexo masculino.
  Período: 2001 - 2003 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Variabilidade genética e endocruzamento em raças caninas no Distrito Federal
  1. Implementação e otimização de um sistema de identificação genética de cães utilizando marcadores moleculares baseados em seqüências de microsatélites em sistemas multiplex no sequenciador automático. 2. Construção de um banco de dados de freqüências alélicas para os locos utilizados na identificação individual de cães para quatro das principais raças criadas no Distrito Federal. 3. Quantificação do coeficiente de endocruzamento existente nas populações de quatro raças caninas (a serem definidas) que vem apresentando crescimento no número de indivíduos registrados no Distrito Federal e aumento na incidência de patologias. 4. Estudo de alguns casos específicos de animais utilizados em cruzamentos controlados, visando propor esquemas de cruzamento e gerenciamento de variabilidade/endogamia pela estimativa de distância genética e predição do nível de endogamia nas descendências resultantes. 5. Análise comparativa da estrutura genética, endogamia e parentesco entre as populações das raças estudadas no Distrito Federal e populações das mesmas raças nos Estados Unidos.
  Período: 2001 - 2002 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genoma Brasileiro - Sequenciamento do genoma de Chromobacterium violaceum
  Sequenciamento completo do genoma da bactéria Chromobacterium violaceum
  Período: 2000 - 2001 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Diversidade genética de árvores tropicais
  Desenvolvimento tecnológico 1.Desenvolvimento de marcadores moleculares co-dominantes e multialélicos baseados em microssatélites para seis espécies arbóreas tropicais de grande relevância econômica e em risco de extinção. 2. Desenvolvimento e disponibilização de uma bateria de pelo menos 5 locos microssatélites com heterozigosidade média > 0.7 para estudos de genética de populações para cada uma das seis espécies tropicais. 3. Otimização de sistemas "multiplex" , i.e. amplificação e resolução simultânea de locos microssatélites para Mogno e Cedro 4. Otimização da tecnologia de marcadores dominantes AFLP para a caracterização genética de populações das seis espécies tropicais. 5. Comparação do desempenho e estimativas de parâmetros genéticos obtidos a partir de tecnologias de microssatélites (marcadores co-dominantes) e AFLP (dominantes) para análise genética de populações Desenvolvimento científico 1. Quantificar o efeito da fragmentação do Cerrado sobre a estrutura genética de Caryocar brasiliense (Pequi) pela análise comparativa dos parâmetros genéticos populacionais de duas populações contrastantes em termos de ação antrópica 2. Identificar uma população de Copaifera langsdorffii (Copaiba) foco de alta variabilidade genética, para o estabelecimento de uma reserva genética em Mata de Galeria no D.F. 3. Caracterizar a organização de variabilidade genética e sistema de cruzamento em uma população de Pau Brasil na Bahia, pertencente a uma reserva genética sob responsabilidade de CENARGEN na Mata Atlântica. 4. Quantificar o sistema de cruzamento preferencial em uma população natural de Mogno na Amazônia visando à tomada de decisões sobre estratégias de coletas de sementes para conservação ex-situ. 5. Quantificar o efeito de seleção fenotípica para plantio na manutenção de diversidade genética de Mogno na Amazônia. 6. Estudar os padrões de fluxo gênico e paternidade em populações fragmentadas de Sumauma e Cedrela
  Período: 1998 - 2001 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Mapeamento genético e estudo de diversidade em Dendê (Elaeis oleifera)
  Neste projeto foram desenlvidos trabalhos de mapeamento genético do loco que controla a espessura da casca do fruto do dendezeiro bem como análise do banco de germoplasma da espécie no Brasil.
  Período: 1997 - 2000 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Desenvolvimento e aplicações de marcadores moleculares para o melhoramento do eucalipto
  Desenvolvimento e aplicações de marcadores moleculares RAPD e microssatélites na solução de vários problemas operacionais no melhoramento de Eucalyptus. Foram desenvolvidos vários trabalhos de fingerprintinig, estudos de parentesco, mapeamento genético e identificação de clones durante os quais foram demonstradas várias aplicações práticas da tecnologia. Com base neste projeto, várias empresas florestais plantadoras de eucalipto hoje utilizam rotineiramente a análise de marcadores moleculares nos seus procedimentos de controle de qualidade dos programas de mlehoramento.
  Período: 1995 - 1998 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA

Áreas de Atuação

• Ciências Agrárias :: Recursos Florestais e Engenharia Florestal :: Silvicultura :: Genética e Melhoramento Florestal
• Ciências Biológicas :: Genética :: Genética Animal ::
• Ciências Biológicas :: Genética :: Genética Humana e Médica :: Genética Forense e de Populações
• Ciências Biológicas :: Genética :: Genética Molecular e de Microorganismos ::
• Ciências Biológicas :: Genética :: Genética Vegetal ::
• Ciências Biológicas :: Genética :: Genética Vegetal :: Conservação de germoplasma

Idiomas

• Alemão: Lê: RAZOAVELMENTE, Fala: POUCO, Escreve: POUCO, Compreende: RAZOAVELMENTE
• Esperanto: Lê: BEM, Fala: BEM, Escreve: BEM, Compreende: BEM
• Inglês: Lê: BEM, Fala: BEM, Escreve: BEM, Compreende: BEM
• Italiano: Lê: BEM, Fala: BEM, Escreve: BEM, Compreende: BEM
• Português: Lê: BEM, Fala: BEM, Escreve: BEM, Compreende: BEM

Banca Julgadora

Orientação

Prêmios

Produção Bibliográfica

Produção Técnica